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FC版『夢の泉の物語』とGBA版『夢の泉デラックス』の違い
GBA版は完全に作り直されており、完全に違う物理法則、グラフィック、サウンドトラックとなっている。
FC版のバグやテクニックは残っておらず、GBA版には特有のテクニックがある。
大きな変更点
- FC版ではメタナイトが持ってくる無敵キャンディがあるが、GBA版では全て初めから配置されている。
- 中ボスのローリングタートルがファンファンに変更されている。
- コピー能力入手時の演出に、ヒットボックスが設定されていない。そのため、敵を倒したり水中で導火線に火を付けたりできない。
ステージごとの変更点
- 1-2：飛行船BGMをIcecream Islandのテーマに変更。
- 1-4：2部屋目に足場を追加。
- 2-2：中ボスのグランドウィリーが専用部屋に隔離された。(FC版では次の部屋と地続き。)
- 2-4：レーザーボールの部屋(4部屋目)が拡張された。
- 3-2,3-3,3-5,3-6：塔の周りを回る部屋が、時間経過で霧が晴れる演出に変更された。
- 3-2：バグジー戦後に部屋を追加。
- 3-6：最後の部屋が拡張された。
- 4-4,4-5：最初の部屋を完全に変更。4-5は最後の部屋も変更された。
- 5-3：棘地帯の最後が格段に通りやすくなった。
- 6-3：最初の部屋のラストを変更。
- 7-3：最後の部屋を変更。
- 7-4：最後に1部屋追加。
英語版と日本語版の違い
RTAに影響のある違いは3点ある。
- ソフトリセットが日本版では約0.5秒早い。
- 日本版ではコピー星を2匹の能力を持った敵と一緒にミックスした時、コピー星の次の能力からルーレットが始まるというバグがある。英語版ではコピー星は無視される。
- 日本版では水中で水を吐く時、常に縦方向の慣性が残る。英語版では縦方向の速度（上下問わず）が一定の速度より高い場合、動きがリセットされて一定の速度で下降する。
北米版と欧州版の違いは見つかっていない。
Wii U VC
WiiUVC版は実機と少しだけ違いがある。
プレイヤーの目を点滅から守るため、グレーのフィルターがかかっている。
中ボスやボスを撃破した時の点滅は短くなっており、一方でロード時間は長くなっている。合計するとWiiUVC版は実機より早くなっているが、その差は1秒に満たない。